A falta de infraestrutura da malha ferroviária é a grande vilã da concentração de cargas no setor, justificam as concessionárias. Segundo elas, o traçado mais antigo aliado a uma série de gargalos (como passagens de nível e invasão da faixa de domínio) torna o transporte de algumas cargas inviável do ponto de vista econômico. Esses entraves também reduzem a capacidade das ferrovias para explorar outros mercados, que não seja mineração ou agronegócio.
É o caso da MRS Logística, que opera a malha de São Paulo, Rio de Janeiro e Minas Gerais. Segundo o presidente da empresa, Eduardo Parente, um dos maiores entraves é a travessia da cidade de São Paulo para o Porto de Santos. O compartilhamento da linha com o transporte de passageiro da CPTM não permite que a companhia eleve o volume de carga. "Hoje não tenho competitividade para transportar contêiner por causa disso. Demoro muito para chegar a Santos. Cada passageiro a mais da CPTM significa menos carga para nós."
